Am Beginn der internationalen Karriere des aus Dresden stammenden Dirigenten standen einige kurzfristige, aufsehenerregende Einspringen für Valery Gergiev mit dem »Ring des Nibelungen« und »Parsifal« am »Mariinsky«Theater. Nach seiner Ausbildung in den Fächern Violine, Trompete, Klavier, Chordirigieren und Studium an der Hochschule für Musik »Carl Maria von Weber« (Orchesterdirigieren) sowie Meisterkursen (u. a. bei Leonard Bernstein, Sergiu Celibidache, Miltiades Caridis, Ilya Musin, Valery Gergiev) wurde er in das Förderprogramm Dirigentenforum des Deutschen Musikrates aufgenommen. Von 1998 bis 2002 war er der jüngste Chefdirigent Österreichs am Stadttheater Klagenfurt. Weitere Chefdirigentenpositionen hatte er am Opernhaus in Ekaterinburg (Russland) und der Finnischen Nationaloper Helsinki (bis 2016) inne. Seit 2003 war er Permanent Guest Conductor des »Mariinsky« Theaters St. Petersburg (»Ring«, »Parsifal«, »Tristan«, »Lohengrin«, »Der fliegende Holländer«, »Falstaff«, »Don Carlo«, »Aida«, »La traviata«, »Le nozze di Figaro«, »Don Giovanni« etc.). Einen Sensationserfolg hatte er im Mai 2007, als er an der Opéra Bastille Paris mit »Lohengrin« (u. a. mit Waltraud Meier und Ben Heppner) einsprang. Bemerkenswert ist seine stilistische Vielseitigkeit, die sich von der Barockmusik bis zur zeitgenössischen Musik spannt. So arbeitet er regelmäßig in der Tradition der historischen Aufführungspraxis (Concerto Köln, Cappella Coloniensis). Eine regelmäßige Zusammenarbeit verbindet ihn seit 2010 mit der Wiener Staatsoper, wo er u. a. »Rigoletto«, »Barbiere di Siviglia«, »Ariadne auf Naxos«, »Werther«, » Eugen Onegin« und »Boris Godunov« dirigiert hat. Im Januar 2023 debütierte er mit »Salome« an der Mailänder Scala.
Am Hessischen Staatstheater Wiesbaden debütierte er 2021 mit »Tristan und Isolde«. 2022 übernahm er dort Vorstellungen der »Pique Dame« und dirigierte diese Produktion auch bei ihrem Gastspiel in Bari. In der Saison 2022.2023 leitet Michael Güttler zwei Sinfoniekonzerte des Hessischen Staatsorchesters und wird bei den Maifestspielen 2023 mit mehreren Dirigaten präsent sein.