Bernd Mottl ist Regisseur für Schauspiel, Oper, Musical und Operette. Einen Namen machte er sich in Berlin durch Musical-Uraufführungen mit Autor Peter Lund (»Das Wunder von Neukölln«, »Elternabend«, »Held Müller«). Operninszenierungen entstanden in Berlin, Wien, Leipzig, Kiel, Braunschweig, Kassel, Erfurt, Baden-Baden. Unter seinen aufgeführten Opern finden sich »Madama Butterfly«, »Tosca«, »Il Ritorno d'Ulisse in patria«, »La Traviata«, »Die Entführung aus dem Serail« und »Martha«, aber auch selten gespielte Werke wie Othmar Schoecks »Penthesilea«, die Uraufführung der Oper »Kleist« und Kurt Weills »Street Scene«. Regelmäßig arbeitet Bernd Mottl in Cottbus, am Maxim Gorki Theater Berlin, an den Opernhäusern Hannover und Köln (»La Voix humaine/Herzog Blaubarts Burg«, »Die Csárdásfürstin« mit den Geschwistern Pfister, »L'Elisir d'amore«). Am Renaissance-Theater Berlin inszenierte er Oliver Bukowskis »Nichts Schöneres« (mit Désirée Nick), an der Bar jeder Vernunft »La Cage aux folles«, in Bern »Die Fledermaus« und »Dialogues des Carmélites«, in St. Gallen »Die Zauberflöte«.
In Wiesbaden stellte er sich in der Spielzeit 2014.2015 mit »Candide« erstmals vor. Seither führte er hier Regie in Oper und Schauspiel, so bei »Geächtet«, »Mein Kampf«, »Manon«, »Die Meistersinger von Nürnberg« und »Schade, dass sie eine Hure war«. In der Spielzeit 2019.2020 zeichnete er sich für die Neuinszenierung »Anna Nicole« von Mark-Anthony Turnage verantwortlich. In der Spielzeit 2021.2022 inszeniert er »Kalldewey, Farce« von Botho Strauß.