Der Ballettdirektor des Hessischen Staatstheaters Wiesbaden wurde 1965 in Leipzig geboren. Er absolvierte seine tänzerische Ausbildung an der Palucca Schule Dresden. Dort prägte ihn besonders die Zusammenarbeit mit Patricio Bunster, Solist bei Kurt Jooss und später Leiter des Nationalballetts in Chile. In einem dreijährigen Zusatzstudium vermittelte er Stephan Thoss die Lehre des Deutschen Ausdruckstanzes, basierend auf den Theorien Rudolf von Labans.

1983 wurde Thoss als Tänzer an das Ballett der Staatsoper Dresden engagiert. Nach Stationen an der Komischen Oper Berlin und am Staatstheater Kassel kehrte er als Solotänzer an die Staatsoper Dresden zurück, wo er in den folgenden Jahren verstärkt auch als Choreograf arbeitete.
Als Gast choreografierte Stephan Thoss 1994 auf Einladung von Marcia Haydée für das Stuttgarter Ballett Igor Strawinskys Les Noces. Es folgten weitere Uraufführungen für das Stuttgarter Ballett, das Bayerische Staatsballett München, auf Einladung von John Neumeier für das Hamburg Ballett und für das Balletto di Toscana in Florenz und im Frühjahr 2006 für das Nederlands Dans Theater II in Den Haag.

Von 1998 bis 2001 übernahm Thoss mit der Leitung des Balletts der Bühnen der Landeshauptstadt Kiel seine erste Ballettdirektion. Von 2001 bis 2006 war Stephan Thoss Ballettdirektor der Staatsoper Hannover / Niedersächsische Staatstheater Hannover GmbH. In diesen fünf Spielzeiten entstanden knapp 20 neue Choreografien, u.a. eine Trilogie zu russischen Komponisten: 2001 ‚Nach Moskau’ zu Kompositionen von Dmitri Schostakowitsch, 2003 ‚Incantations’ zu Musik von Igor Strawinski, Alexandre Rabinovitch und Alexander Raskatov und 2004 ‚Zwischen Mitternacht und Morgen: Schwanensee’ zu Musik von Peter I. Tschaikowsky. Diese Schwanensee-Fassung wurde später auch mit dem Aalto Ballett Theater Essen einstudiert. Den Abschluss seiner Hannoveraner Zeit bildete ‚Le Sacre du Printemps’ im Mai 2006.
Zahlreiche Tourneen führten ihn und sein Ensemble nach Europa, Asien und die USA.
In der Spielzeit 2006/07 war Stephan Thoss freischaffend tätig, u.a. erarbeitete er im Oktober 2006 die Uraufführung ‚solitaire’ zur Musik von Béla Bartòk mit dem Aalto Ballett Theater Essen und im Februar 2007 die Produktion ‚Das Mädchen mit den Email-Augen’ für das Choreographische Theater Johann Kresnik in Bonn.
Seit Beginn der Spielzeit 2007/08 ist Thoss Ballettdirektor des Hessischen Staatstheaters Wiesbaden.

Seine Choreografien ‚My way’ zu Musik von Frank Sinatra und ‚Teufel-Engel’ (Steve Reich) wurden vom ZDF aufgezeichnet und ausgestrahlt. 2004 zeichnete ARTE seine Schwanensee-Version auf, die seitdem mehrfach gesendet wurde.
1990 gewann Thoss mit seiner Choreografie ‚D-x’ den 2. Hauptpreis beim Internationalen Wettbewerb für Choreographen Hannover. 1993 erhielt er den Mary Wigman Preis der Stiftung zur Förderung der Semperoper für besondere choreographische Leistungen, ein Jahr später folgte die Medaglia Laurenziana in Florenz und 1997 der Kunstpreis der Stadt Dresden. Für seine erste abendfüllende Kieler Produktion ‚Schlaraffenland ist abgebrannt’ wurde er mit dem Bayerischen Theaterpreis 1999 ausgezeichnet. 2006 wurde Thoss für seine Produktion ‚Zwischen Mitternacht und Morgen: Schwanensee’ nominiert für die erstmalige Vergabe des Deutschen Theaterpreises DER FAUST in der Kategorie ‚Beste Choreografie’. Im Jahre 2007 wurde er erneut nominiert und gewann diese Auszeichnung, diesmal für seine Choreografie ‚Giselle M.’ in der Einstudierung mit dem Ballett des Theaters Chemnitz.
Im November 2011 war Stephan Thoss zum dritten Mal nominiert für den Deutschen Theaterpreis DER FAUST, diesmal für seine Uraufführung ‚Blaubarts Geheimnis‘, Kategorie ‚Beste Choreografie‘ sowie der Wiesbadener Tänzer Giuseppe Spota, Kategorie ‚Bester Tänzer/Darsteller‘, der den renommierten Preis gewann für die herausragende Gestaltung und Verkörperung der Hauptrolle des Blaubart.